Hoàng Tông Hy tự là Thái Xung, hiệu là Nam Lôi, còn có hiệu khác là Lê Châu, người Dư Diêu, tỉnh Triết Giang. Cha Hoàng Tông Hy là Hoàng Tôn Tố, danh sĩ nổi tiếng của Đông lâm. Vì mâu thuẫn với hoạn quan Ngụy Trung Hiền, Hoàng Tôn Tố bị hãm hại, không lâu sau được minh oan.

Hoàng Tông Hy theo học Lưu Tông Chu. Ông học tập các sách của bách gia. Không chỉ nghiên cứu lịch sử, Hoàng Tông Hy còn học sách của bách gia, tướng số, toán học, Phật học, Đạo gia, kiến thức ngày một uyên bác[1].

Dần dần Hoàng Tông Hy trở nên nổi tiếng trong giới học thuật, ông trở thành thủ lĩnh trong đệ tử Đông lâm. Thời gian này, tổ chức "Phục xã" đã thành lập để kế tục Đông lâm. Hoàng Tông Hy tham gia tổ chức này và nhanh chóng trở thành người đứng đầu.

Năm 1644, quân Thanh tiến vào trung nguyên. Hoàng Tông Hy tổ chức lực lượng chống Thanh nhưng thất bại, phải thay tên họ, trốn đi biệt tích[2]. Sau một thời gian dài, Hoàng Tông Hy trở về quê nhà, phụng dưỡng mẹ già, dạy học, đóng cửa viết sách.

Nhà Thanh nghe tiếng ông, nhiều lần mời ra làm quan nhưng ông từ chối. Ông đã soạn nhiều tác phẩm nổi tiếng như "Minh di đãi phỏng lục", "Minh văn án", "Minh văn hải" và "Minh nho học án"...

Năm 1695, Hoàng Tông Hy qua đời khi đang soạn dở sách "Tống Nguyên học án", thọ 86 tuổi.